W klasyfikacji generalnej wyprzedził Prosta o 3 punkty.
thumb|220px|Kask Ayrtona Senny w czasach jazdy dla stajni McLaren-Honda thumb|150px|left|Ayrton Senna podczas GP Kanady Grand Prix Kanady 1988
Sezon 1989 W sezonie 1989 nie udało mu się zdobyć kolejnego tytułu, został wicemistrzem oddając tytuł w ręce Prosta. Wygrał w sześciu wyścigach, a tylko podczas trzech nie zdobył pole position. Narastający konflikt z Prostem miał swoją kulminację podczas GP Japonii – przedostatniej eliminacji mistrzostw. Szeroko komentowana była sprawa wątpliwej dyskwalifikacji Senny. Doszło do zderzenia pomiędzy kierowcami zespołu McLaren, w wyniku której Francuz wycofał się z wyścigu, a Senna ominął szykanę Casio wracając na tor. Wygrał wyścig w dramatycznej końcówce, jednak po długich obradach sędziowie uznali, że Senna złamał regulamin. Wynikiem tego Brazylijczyk został zdyskwalifikowany oraz zawieszony na 6 miesięcy.