Sezon 1990 Od sezonu 1990 Prost przeniósł się do stajni Ferrari. Zakończył się tym samym okres konfliktów i napiętej sytuacji w zespole, spowodowanej sprzeczkami z Brazylijczykiem. Mimo nieukończenia ostatnich trzech wyścigów Senna zdobył swój drugi tytuł mistrzowski. Wyprzedził drugiego w klasyfikacji Prosta o 7 punktów. Podobnie jak w poprzednim sezonie podczas GP Japonii doszło do zderzenia pomiędzy Senną a Prostem. Tym razem niedługo po starcie wyścigu Senna zderzył się z Prostem, przez co obaj kierowcy odpadli z wyścigu.

Sezon 1991 Tytuł w 1991 zdobył jeszcze łatwiej. W klasyfikacji generalnej wyprzedził o 24 punkty drugiego Nigela Mansella. Zwyciężył siedmiokrotnie, lecz już w drugiej części sezonu zaznaczyła się technologiczna przewaga Williamsa.

Po raz pierwszy wygrał Grand Prix Brazylii. Siedem okrążeń przed końcem wyścigu w bolidzie Senny zacięła się skrzynia biegów. Miał do dyspozycji tylko szósty bieg. Dzięki dużej przewadze nad resztą zawodników udało mu się wygrać kończąc wyścig 3 sekundy przed Riccardo Patrese. Na okrążeniu zjazdowym zemdlał z powodu ogromnego wysiłku. Dostał skurczu mięśni ramion oraz karku i nie był w stanie wyjść z bolidu.

Pod koniec sezonu Prost na jeden sezon wycofał się z F1.