Stanowisko wobec administracji Busha Aczkolwiek Hagel głosował, jak wszyscy inni republikańscy senatorowie z wyjątkiem Lincolna Chafee z Rhode Island, za autoryzacją interwencji w Iraku, bardzo szybko stał się jednym z czołowych republikańskich krytyków polityki zagranicznej prezydenta George’a W. Busha. Hagel zarzuca administracji złe przygotowanie i przeprowadzenie operacji, co w jego opinii zaowocowało wielką destabilizacją tego strategicznego regionu, oraz licznymi ofiarami śmiertelnymi po obu stronach (co służy tylko wrogom USA, a odpowiedzialność ponoszą za to władze amerykańskie). Chociaż twierdzi, iż natychmiastowe wycofanie się spowoduje jeszcze większy chaos, o tyle trzeba jak najszybciej opracować strategię wyjścia. Hagel już w 2005 stwierdził, iż Irak powoli staje się „drugim Wietnamem” i uważa, że pozostanie tam oznacza tylko dalszą destabilizację, a także pozyskiwanie nowych zwolenników przez przeciwników, co absolutnie USA się nie opłaci.