Hagel, obok takich republikanów jak McCain, John Warner czy Lindsey Graham, stali na czele skutecznej opozycji, która sprzeciwiała się dopuszczeniu prawnej możliwości stosowania przez amerykańskie siły tortur, czyli tzw. „alternatywnych metod przesłuchań”. Opozycja głosiła, iż powoduje to tylko eskalację nienawiści oraz podważa moralną pozycję Stanów Zjednoczonych w wojnie z terroryzmem.
Przeciwnicy z kolei oskarżają senatora o podważanie jedności amerykańskiej w okresie wojny.
Wybory prezydenckie w Stanach Zjednoczonych w 2004 roku Aczkolwiek żaden polityk republikański nie stanął do rywalizacji z Bushem o ponowną nominację prezydencką, tajemnicą poliszynela było istnienie pewnej opozycji wśród republikanów wobec ponownego wyboru i kontynuacji polityki Busha.
O kandydacie demokratów, Johnie Kerrym, Hagel powiedział: „jest zdolny i bystry oraz kompetentny, aby być prezydentem”. Niektórzy demokraci chcieli oferować wiceprezydenturę jakiemuś niezależnemu republikaninowi (McCain mówił początkowo publicznie, że przyjmie taką ofertę, ale z czasem na skutek presji kierownictwa partii wycofał się). Wymieniani w tej roli byli m.in.