Systematyka thumb|left|Do grupy ryjówki średniej należy też ryjówka pazurzasta Ryjówkę średnią opisał w 1788 Laxmann. Jako miejsce typowe wskazał on południowo-zachodni brzeg Bajkału. Obecnie w języku angielskim gatunek ten nazywa się Laxmann's Shrew (ryjówką Laxmanna). Najbliższym krewnym ryjówki średniej jest ryjówka szinto, tworzą one razem grupę gatunków caecutiens/shinto. Gatunek na podstawie badań genetycznych zalicza się do grupy ryjówki średniej w podrodzaju Sorex, do której zaliczają się także wspomniany Sorex shinto, a prócz niego Sorex isodon, Sorex sinalis, Sorex unguiculatus. Podrodzaj ten wraz z podrodzajem Otisrex zalicza się do rodzaju Sorex, czyli ryjówka w plemieniu Soricini. Plemię to wraz z plemionami Blarinini, Blarinellini, Anourosoricini, Notiosoricini i Nectogalini należy z kolei do podrodziny Soricinae, jednej z trzech podrodzin rodziny ryjówkowatych Soricidae, obejmującej także podrodziny Crocidurinae i Myosoricinae.
Kladogram wedle Naitoh i innych z 2005: