Ryjówkę średnią dzieli się na 8 podgatunków: Sorex caecutiens caexutiens Laxmann, 1788, Sorex caecutiens annexus Thomas, 1907, Sorex caecutiens kornei, Allen, 1914, Sorex caecutiens kunashirensis Hutterer & Zaitsev, 2004, Sorex caecutiens laponicus Melander, 1942, Sorex caecutiens macropygmaeus Miller, 1901, Sorex caecutiens pleskei Ognev, 1921, Sorex caecutiens saevus Thomas,1907.
Odmienny pogląd podtrzymuje Polskie Nazewnictwo Ssaków Świata, które proponuje podział na 2 podgatunki, prócz podgatunku nominatywnego podaje także Sorex caecutiens karpinskii o polskiej nazwie ryjówka białowieska.
Za podgatunek ryjówki średniej uznawano niegdyś japońską ryjówkę szinto, obecnie uznawaną za odrębny gatunek. Badania genetyczne wskazują jednak, że oba te gatunki są blisko ze sobą spokrewnione i tworzą grupę monofiletyczną.
Ohdachi i inni w 2005 opublikowali badania morfologiczne, w których wykazano odrębność osobników z wyspy Czedżu, charakteryzujące się większymi rozmiarami. Opisali na tej podstawie nowy podgatunek Sorex caecutiens hallamontanus, niewymieniany przez późniejszych autorów.