Niezwykle ważne natomiast, nie tylko ze względów morfologicznych, ale również czynnościowych, są ziarnistości wewnątrzkomórkowe neutrofilów.
Ziarnistości wewnątrzkomórkowe W cytoplazmie neutrofilów spotyka się trzy rodzaje ziarnistości: ziarnistości pierwotne, nazywane inaczej azurofilnymi, które powstają już na etapie promielocytu. Stanowią one 10–20% wszystkich zawartych w neutrofilach ziaren wewnątrzcytoplazmatycznych. Spośród zawartych w nich białek szczególnie istotne są: kwaśne hydrolazy lizosomowe, serprocydyny, defensyny i mieloperoksydaza. Ta ostatnia jest wyznacznikiem tych ziaren, tzn. wykrywając mieloperoksydazę możemy stwierdzić, że mamy do czynienia z ziarnistościami azurofilnymi. ziarnistości wtórne, stanowiące 80–90% wszystkich ziarnistości, nazywane są także ziarnistościami swoistymi, ze względu na fakt ich występowania tylko w neutrofilach. Zawierają m.in. alkaliczną fosfatazę (lizozym). Ich białkiem markerowym jest laktoferyna. ziarnistości trzeciorzędowe, czyli żelatynowe, nazwane tak ze względu na obecność enzymu żelatynazy