Byli to: lider hongkońskiej triady Lee Hong, kolumbijski baron narkotykowy Pablo Belisario Ochoa, austriacki terrorysta Frantz Fuchs, kazachski międzynarodowy handlarz bronią Arkadij „Borys” Jegorow i prowadzący nielegalne eksperymenty na terenie Rumunii naukowiec Otto Wolfgang Ort-Meyer. Ten ostatni bezpośrednio odpowiada za stworzenie 47 i wielu innych klonów, które miały służyć piątce przestępców jako idealni żołnierze – nadludzko sprawni fizycznie, inteligentni i bezgranicznie wierni. W 1999 przestępcy stali się jednak bardziej roszczeniowi wobec Ort-Meyera, a relacje między nimi pogorszyły się. W związku z tym Ort-Meyer postanowił wyeliminować dawnych partnerów, wykorzystując w tym celu, jego zdaniem, swojego najlepszego klona. 47 budzi się w podziemiach rumuńskiego szpitala psychiatrycznego, nie pamiętając w pełni swojej przeszłości i nieświadomy planów Ort-Meyera. Przechodzi ostatnie szkolenie, po czym jego stwórca aranżuje jego ucieczkę. 47 postanawia związać się z tajną międzynarodową organizacją International Contract Agency (ICA), przyjmującą zlecenia płatnych zabójstw z całego świata. Jego kontrolerem zostaje Diana Burnwood. Od tego momentu uciekinier jest nazywany Agentem 47. Na polecenie agencji zabija kolejno Lee Honga, Pabla Belisaria Ochoę i Frantza Fuchsa.