Gdy jednak ICA otrzymuje zlecenie na zabójstwo Arkadija Jegorowa, jej zarząd dochodzi do wniosku, że wszystkie cele były ze sobą w jakiś sposób powiązane. Okazało się, że Hong, Ochoa, Fuchs i Jegorow razem służyli w Legii Cudzoziemskiej, a ten ostatni sprzedawał broń pozostałym. Po zabójstwie Jegorowa agencja odkrywa, że zleceniodawcą wszystkich dotychczasowych celów Agenta 47 była ta sama osoba. ICA z reguły nie bierze udziału w większych wojnach, jednak po kontakcie ze zleceniodawcą rada dyrektorów godzi się na przyjęcie od niego ostatniego zlecenia. Klient nalega dodatkowo, aby zadanie wykonał ten sam agent, który wyeliminował pozostałe cele. Ostatnią osobą, którą ma zabić Agent 47, jest doktor Odon Kovacs, pracownik szpitala psychiatrycznego w Rumunii. Przed dokonaniem morderstwa zabójca rozpoznaje lekarza jako tego z igłą. Kovacs wyjaśnia, że był w niewielkim stopniu zaangażowany w eksperyment, w wyniku którego powstał Agent 47, a głównym twórcą był profesor Ort-Meyer. Dalszy los Kovacsa zależy od decyzji gracza. Zabójca schodzi do podziemi szpitala, aby odnaleźć swojego stwórcę, ale ten otoczył się armią uzbrojonych klonów kolejnej generacji. Agent 47 zabija wszystkie klony i odnajduje Ort-Meyera.