Profesor ma zamiar zaatakować mordercę paralizatorem i wyczyścić mu pamięć, ale zanim mu się to udaje, płatny zabójca ciężko go rani. Kampania gry kończy się przerywnikiem filmowym, w którym agent zabija swojego stwórcę, skręcając mu kark.
Hitman: Cichy Zabójca alt=|mały|Model pozujący jako Agent 47 (z lewej) na konwencie Gamecon w 2012 Akcja gry Hitman: Cichy Zabójca ma miejsce w roku 2002. Agent 47 postanowił, że nie chce już zabijać i rozpoczyna nowe życie jako ogrodnik w sycylijskim kościele, gdzie zaprzyjaźnia się z proboszczem, ojcem Emilio Vittorio, i spowiada mu się z dokonanych morderstw. Na całym świecie Agent 47 jest traktowany jako legenda miejska. Krążą różne plotki na jego temat. Mówi się między innymi, że zginął lub przeszedł na emeryturę i żyje w luksusowych warunkach. W rzeczywistości oddał większość swoich pieniędzy Kościołowi. Przestępca Sergei Zaworotko odkrywa prawdę o agencie, badając śmierć swojego brata – zabitego przez Agenta 47 Arkadija Jegorowa. Zaworotko postanawia wykorzystać Agenta 47 do wyeliminowania swoich współpracowników i w ten sposób zapewnić sobie wyłączność na nielegalną sprzedaż rosyjskiej broni nuklearnej. Nakłania szefa sycylijskiej mafii, Giuseppe Guillani, do porwania ojca Vittorio i zażądania okupu w wysokości 500 tysięcy dolarów. Plan Zaworotko powodzi się.