Drewno balsa niezbędne do budowy tratwy Thor pozyskał z miejscowości Quevedo w Ekwadorze. Stamtąd spławione zostało rzeką Guayas do zatoki Guayaquil na Oceanie Spokojnym. Tam załadowano drewno na statek i przetransportowano do Limy. Balsa była budulcem wykorzystywanym niegdyś przez tubylców do budowy tratw. W stanie suchym jest ona lżejsza od korka. Po uzyskaniu niezbędnych pozwoleń budowa tratwy ruszyła w porcie Callao w stoczni wojennej. Kadłub tratwy składał się z 9 najgrubszych pni. Najdłuższy z nich miał 14 metrów. Całość związana była konopnymi linami. Pokład wykonany był z bambusa pokrytego plecionką. Pomieszczenie mieszkalne stanowił szałas o wymiarach 4,2 na 2,4 metra i wysokości 1,2–1,5 m, przykryty liśćmi bananowca. Tratwę wyposażono w dwa maszty z drzewa mangrowego o wysokości 8,8 m, połączone topami. Do sterowania służyło wiosło o długości 5,8 m, którego trzpień wykonany był z drewna mangrowego, natomiast pióro – z sosny. Pomiędzy pniami balsy umocowano pięć długich na 1,5 m mieczy. Tratwę napędzać miał jeden żagiel rejowy 4,6 na 5,5 m z namalowaną głową przywódcy-boga Kon-Tiki.