Rada (gr. synedrion) – reprezentowane były w niej poszczególnie miasta poprzez delegatów wybieranych w liczbie proporcjonalnej do liczby ich obywateli. Nieznana jest dokładna liczba członków rady, jednak przyjmuje się, że musiało być ich około tysiąca (w 167 p.n.e. wymordowano 550 jej członków, oprócz tego pewną część wygnano – daje to pewne wyobrażenie o jej liczebności ). Zadaniem rady było nadzorowanie władz oraz podejmowanie ważniejszych decyzji w okresach pomiędzy zgromadzeniami. Synedrion działał również jako trybunał sądzący zbrodnie stanu, przestępstwa popełnione przez obywateli związku poza jego granicami (szczególnie kiedy naruszali przywileje nadawane przez związek innym społeczeństwom) – poza wymienionymi przypadkami wymiarem sprawiedliwości zajmowały się samodzielnie poszczególne miasta i ludy wchodzące w skład związku.
Apokletoi – organ ten ustanowiono dla usprawnienia działań związku. Członków apokletoi powoływano spośród członków rady. Z biegiem czasu rola apokletoi rosła, większość istotnych decyzji była podejmowana przez jego członków. Obrady apokletoi były tajne.