romans z Susette przyczynił się do pogorszenia równowagi psychicznej poety.
Zimą na przełomie lat 1801–1802 odbył wyczerpującą pieszą wędrówkę do Bordeaux, gdzie przepracował trzy miesiące, a następnie od maja do lipca przewędrował ponownie przez góry do Niemiec. Wyprawa ta i związany z nią długotrwały wysiłek spowodowała nasilenie się choroby psychicznej Hölderlina. Czynnikiem, który pogrążył go jeszcze bardziej była otrzymana w międzyczasie wiadomość o śmierci Susette Gontard. Do Nürtingen dotarł już w stanie kompletniej nieświadomości – matka i siostra odnalazły go przypadkiem błąkającego się nad rzeką. Doznawał zaników pamięci, dziwacznych wizji, nagłych ataków szału, napadów słowotoku. Kolejne lata, do roku 1807, były przeplatane okresami względnej świadomości i ataków nasilającej się choroby. Tłumaczył jeszcze w tym czasie greckie tragedie i pisał wiersze. W 1804 r. otrzymał posadę bibliotekarza na dworze landgrafa Hesji-Homburg Fryderyka V w Homburgu, stale pozostając pod pieczą przyjaciół. Gdy obłęd pogłębił się do stopnia nie dającego nadziei na poprawę, poetę przeniesiono do Tybingi, gdzie pozostał już do końca życia. Początkowo był leczony w klinice uniwersyteckiej pod pieczą jej kierownika prof.