Pod koniec II wojny światowej szkołę zamknięto i otwarto ponownie 15 lutego 1946. Na rozkaz sowieckiej administracji zamknięto jednak kolejny raz wydział ekonomiczny.
W czasach NRD dochodziło do innych zmian w strukturze uniwersytetu. Wydział medyczny dostosowano do potrzeb Armii Czerwonej, a prawny całkowicie zamknięto. Pozostawiono wydziały: filozoficzny, teologiczny, medyczny i matematyczno-przyrodniczy, a wydział rolniczy został połączony z założoną w 1835 r. Akademią Rolniczą Greifswald–Eldena (niem. ). W latach 1946–1955 istniał wydział pedagogiczny. W 1962 zamknięto istniejący od końca wojny wydział robotniczo-chłopski im. Martina Andersena Nexø (Arbeiter- und Bauern-Fakultät Martin Andersen Nexø).
Rok 1990 r. był przełomowym w historii uczelni. Nadano jej nową strukturę i przywrócono autonomię, wolność nauki i programu nauczania. Uniwersytet posiada dziś pięć wydziałów: teologiczny, prawa i nauk o państwie, medycyny, filozoficzny i matematyczno-przyrodniczy. Prace badawcze koncentrują się głównie na medycynie i fizyce plazmowej.
Wiek XXI Rok 2006 r. to jubileusz 550-lecia uniwersytetu, ale też okres dyskusji nad dalszym kształtem uczelni.