Wiek XIX i XX thumb|Dyplom ukończenia studiów na uniwersytecie w Greifswaldzie z 1837 r. ze zbiorów Archiwum Państwowego w Poznaniu Od 1815 r. uniwersytet w Greifswaldzie należał do Prus, stając się najstarszą pruską szkołą wyższą. W drugiej połowie XIX w. rozwinął się do nowoczesnego universitas litterarum. Oprócz wydziału medycznego, który posiadał własną klinikę, rozwinęły się również wydziały: prawa, teologiczny, klasyczny i filologiczny.
W 1901 r. pracujący na uniwersytecie w Greifswaldzie niemiecki biolog odkrył reakcję pozwalającą na rozróżnianie krwi poszczególnych gatunków, w tym krwi ludzkiej od zwierzęcej, na zasadzie precypitacji; odkrycie to zostało po raz pierwszy wykorzystane do udowodnienia winy seryjnego zabójcy dzieci Ludwiga Tessnowa przed sądem w Greifswaldzie i było potem powszechnie używane w kryminalistyce przy badaniu śladów krwi.
W 1933 r. uniwersytet otrzymał imię Ernsta Moritza Arndta, byłego profesora z Greifswaldu. Nazwa uczelni wzbudzała sporo kontrowersji i dlatego wielokrotnie dyskutowano nad zmianą patrona. Arndta do celów propagandowych wykorzystywali hitlerowcy. Wreszcie w roku 2018 nazwa została zmieniona na: Uniwersytet Greifswaldzki, Universität GreifswaldChronik der Universität - Universität Greifswald.