Prawdopodobnie od 2. połowy XII w. w Wiślicy działała kapituła wiślicka. Początkowo mogła ona podlegać księciu. W późniejszym okresie została przekazana pod jurysdykcję biskupią. Pierwsze zachowane dokumenty dotyczące jej uposażenia pochodzą z połowy XIII w. Początkowo kapituła liczyła zaledwie czterech prałatów oraz czterech kanoników.
Trzecią, zachowaną do dzisiaj kolegiatę wiślicką ufundował Kazimierz Wielki. Budowę rozpoczęto w 1350 roku, zachowując jednak niższy masyw zachodni z wcześniejszego romańskiego kościoła. Tablica upamiętniająca fundację, umieszczona w XV w. ponad południowym wejściem do świątyni informuje, że kościół został zbudowany w 1350 r. Do przesklepienia nawy doszło w 1365 roku lub niedługo później. Był to kościół mający szczególne znaczenie polityczne, co przejawia się w dekoracjiJ. Gadomski, Funkcja kościołów fundacji Kazimierza Wielkiego w świetle heraldycznej rzeźby architektonicznej, [w:] Funkcja dzieła sztuki. Materiały Sesji Stowarzysze-nia Historyków Sztuki, Szczecin, listopad 1970 , Warszawa 1972, s. 103–116. Był to jeden z kościołów, które wg Jana Długosza król wzniósł jako pokutę za zlecenie zabójstwa wikarego Marcina Baryczki. Kościół był wielokrotnie naprawiany i restaurowany. W 1598 naprawiono jego dach i zegar, ustawiono w świątyni konfesjonały oraz odnowiono rzeźbę Madonny Łokietkowej.