W 1678 remont świątyni kosztował 6000 ówczesnych złotych. Odnowione zostało wówczas prezbiterium. W 1682 naprawiono zniszczony gradobiciem dach. W 1810 zlikwidowano parafię w sąsiednich Gorysławicach i włączono ją do parafii wiślickiej.
W 1915 świątynia została poważnie uszkodzona przez austriacką artylerię. Zniszczona została fasada zachodnia, z wieżami pochodzącymi jeszcze z XIII-wiecznej świątyni romańskiej. Kościół odbudowano w latach 20. XX w. według projektu Adolfa Szyszko-Bohusza. Odrestaurowanej świątyni, 7 września 1924, biskup kielecki Augustyn Łosiński przywrócił status kolegiaty utracony w 1819.
W 1958 w czasie badań archeologicznych, w podziemiach kościoła odkryto pozostałości dawnych kościołów romańskich.
W 2002 roku stanowisko archeologiczne w Wiślicy, czyli bazylika oraz Dom Długosza, zostało wpisane na listę World Monuments Watch jako jeden ze stu zabytków na świecie zagrożonych zniszczeniem.
8 września 2005 kościół otrzymał tytuł bazyliki mniejszej. Dokument nominacyjny został podpisany przez Jana Pawła II 1 października 2004.
Obecnie kustoszem bazyliki w Wiślicy jest ks. kan. Wiesław Stępień.