W 1945 powrócił do Polski i zamieszkał w Łodzi przy ulicy Zachodniej 78. W tym samym roku założył Wyższą Szkołę Rabiniczną Necach Israel, której w latach 1945–1946 był rektorem. W 1950 wobec emigracji studentów i wykładowców siedziba uczelni została przeniesiona do Jerozolimy. Rabin Morejno ostro przeciwstawiał się liberalnemu traktowaniu praw Tory przez członków kongregacji i syjonizmowi, dlatego sprzeciwiał się emigracji Żydów do Izraela. Ostro potępiał naruszanie przestrzegania Szabatu, naruszanie zasad koszerności oraz odstępstwa od reguł obchodzenia świąt religijnych. Z tego powodu popadł w konflikt z rabinem Dawidem Kahane, działaczem syjonistycznej partii Mizrachi i przewodniczącym Naczelnej Rady Religijnej. Grupa rabinów rozważała nawet wykluczenie go ze społeczności żydowskiej. Konflikt został jednak zażegnany i w 1948 został wybrany rabinem Łodzi. Usunięty z tego stanowiska w 1952 po konflikcie z władzami komunistycznymi dotyczącymi okrojenia nowego cmentarza żydowskiego przy ulicy Brackiej.