Od tego momentu krążenie duże (systemowe) i małe (płucne) są oddzielone, gdzie krew żylna przepływa przez płuca pod wpływem ciśnienia żylnego, a krew tętnicza pompowana jest do aorty przez pojedynczą komorę serca. Najczęściej stosuje się dwie modyfikacje operacji Fontana: wewnątrzsercową, gdzie zespolenie wykonuje się wewnątrz prawego przedsionka (operacja de Levala, total cavopulmonary connection), w której wykonuje się boczny tunel wewnątrzsercowy. zewnątrzsercową (obecnie preferowaną), gdzie żyłę dolną główną łączy się z prawą gałęzią płucną przy użyciu protezy wykonanej z Gore-TexuOperacje sposobem FontanaKuroczyński W, Senft D, Elsaesser A, Kampmann C: Intra- or extracardiac Fontan-operation? A simple strategy when to do what. Arch Med Sci 2014; 10, 4: 706-710 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4175755/. Po wprowadzeniu przez Marcellettiego w 1990 zewnątrzsercowego zespolenia VCI z tętnicą płucną metoda ta jest aktualnie metodą z wyboru (polecana jako najlepsza) i jest przeprowadzana najczęściej w krążeniu pozaustrojowym na bijącym sercu, ale może być też wykonana przy przeciwwskazaniach, bez użycia krążenia pozaustrojowego stosując na czas zespolenia omijające połączenie między VCI i prawym przedsionkiem sercaMarcelletti C., Corno A., Giannico S., Marino B.