W 1968 roku Francis Fontan i Eugene Baudet przeprowadzili pierwszą udaną operację u dziecka z atrezją zastawki trójdzielnej, polegającą na zespoleniu Glenna oraz bezpośrednim połączeniu uszka prawego przedsionka z prawą tętnicą płucną, co w założeniu miało polegać na tym, że prawy przedsionek przejmie funkcję pompy ssącej krew z żyły głównej dolnej i będzie ją tłoczyć do krążenia płucnego. Ta jak i inne modyfikacje techniki Fontana z wykorzystaniem prawego przedsionka są tylko metodami historycznymi.
Opis metody Obecnie operacja Fontana jest najczęściej dwuetapową operacją, stosowaną jako drugi i trzeci etap procedury Norwooda. Zabieg polega w pierwszym etapie na wykonaniu dwukierunkowego zespolenia Glenna, lub tzw. operacji hemi-Fontana. Krew z żyły głównej górnej (VCS) spływa bezpośrednio do tętnic płucnych, a z żyły głównej dolnej (VCI) miesza się nadal z krwią tętniczą na poziomie serca. W drugim etapie operacji Fontana wykonuje się najczęściej zewnątrzsercowe połączenie VCI z tętnicą płucną lub połączenie wewnątrzsercowe (tzw. operacja de Levala – Total Intracardiac Cavo−Pulmonary Connection).