W czerwcu 2003 po raz drugi wziął udział w wyborach prezydenckich, zajmując według oficjalnych wyników trzecie miejsce z 5,1% głosami poparcia. Również i tym razem odrzucił oficjalne wyniki, które wskazywały na zwycięstwo Eyademy (57,8%). Jego zdaniem wybory miał wygrać kandydat opozycyjnej partii UFC, Emmanuel Bob-Akitani, który zamiast oficjalnych 33,7% głosów miał zdobyć 54,8% głosów. On sam miał uzyskać ponad 13% głosów, a prezydent Eyadema tylko ok. 11%.
W latach 1996–2004 pełnił funkcję przewodniczącego Związku Afrykańskich Partii na rzecz Demokracji i Rozwoju. W czasie wyborów prezydenckich w kwietniu 2005, wygranych przez syna zmarłego prezydenta Gnassingbé Eyadémy – Faure Gnassingbé, był generalnym koordynatorem opozycji. Dzień przed głosowaniem określił wybory wyborczą maskaradą. Po wygranej, nowy prezydent, próbując załagodzić napięcia w kraju rozpoczął dialog z opozycją. Od kwietnia do sierpnia 2006 Agboyibo pełnił funkcję przewodniczącego Biura Dialogu Międzytogijskiego.
Premier 16 września 2006 został mianowany przez prezydenta Faure Gnassingbé na urząd premiera. Cztery dni później utworzył gabinet składający się z 35 ministrów.