W 1994 został wybrany do Zgromadzenia Narodowego i zasiadał w nim do 1999. Był w tym czasie przewodniczącym klubu parlamentarnego CAR. W czerwcu 1998 wziął udział w wyborach prezydenckich, w których według oficjalnych wyników zajął trzecie miejsce i zdobył 9,6% głosów poparcia, przegrywając z prezydentem Eyademą. Odrzucił jednak wyniki wyborów, oskarżając władze o fałszerstwa. Opozycja ogłosiła, że prawdziwym zwycięzcą wyborów został jej kandydat, Gilchrist Olympio.
W 2001 został oskarżony o znieważenie premiera Agbéyomé Kodjo. Miał dwa lata wcześniej zarzucić premierowi, że ten współpracował z grupami bojówkarzy w czasie gdy był dyrektorem portu w Lomé. 3 sierpnia 2001 Agboyibo został skazany na 6 miesięcy więzienia i grzywnę w wysokości 100 tys. franków CFA. W styczniu 2002 sąd apelacyjny oddalił zarzuty przeciwko niemu, jednak z więzienia Agboyibo został zwolniony dopiero 14 marca 2002, decyzją prezydenta Eyademy.