Mikołaj II (łac. Nicolaus II, właśc. Gerard z Burgundii; ur. ok. 1010 w Chevron, zm. 19 lub 26 lipca 1061 we Florencji) – papież w okresie od 6 grudnia 1058 do 19 lub 27 lipca 1061.
Życiorys Pochodził z Burgundii, z Château de Chevron we Francji (obecnie Mercury (Sabaudia)); przed wyborem był biskupem Florencji (od 1045).
Po śmierci Stefana IX (X) rzymskie stronnictwo arystokratyczne wybrało papieżem Benedykta X. Jednak reformatorzy, wierni przysiędze danej poprzedniemu papieżowi, nie zaakceptowali wyboru do czasu powrotu kardynała Hildebranda. Hildebrad, który nie chciał by papiestwo ponownie stało się narzędziem w rękach rzymskich rodów, zaproponował na Stolicę Piotrową biskupa Florencji, Gerharda. Po zapewnieniu zgody księcia Gotfryda i niemieckiego dworu, Gerard został wybrany 6 grudnia 1058 w Sienie Po wyborze przyjął imię Mikołaja II.
W roku 1059 odbył się synod w Sutri, który ogłosił nieważność wyboru Benedykta X, którego uznano jako antypapieża i 24 stycznia nastąpiła intronizacja Mikołaja II.