Jego bliskimi przyjaciółmi i współpracownikami byli Humbert z Silva Candida i Piotr Damiani.
thumb|left|250px|Papież Mikołaj II(Fresk z klasztoru San Clemente) 13 kwietnia 1059 roku na synodzie laterańskim promulgował dekret In Nomine Domini, który ograniczył prawo wyboru papieża do kolegium kardynalskiego, a rola duchowieństwa i ludu rzymskiego została ograniczona tylko do akceptacji nowego papieża. Po śmierci papieża kardynałowie mieli utworzyć listę kandydatów na następcę zmarłego biskupa Rzymu – o to stanowisko mógł ubiegać się bądź członek kolegium kardynalskiego, bądź reprezentant duchowieństwa rzymskiego. Dopuszczalna też była możliwość wyboru nie-Rzymianina i poza stolicą. Po dokonanym wyborze nowy papież od razu otrzymywał pełnię władzy. Podczas wakatu Kościołem zarządzać mieli kardynałowie-biskupi. Dekret ten nie zakwestionował prawa cesarza do zatwierdzania nowego biskupa Rzymu, ale też to prawo uzależnione było od indywidualnego władcy. Miało być każdorazowo przyznawane i mogło być utracone na skutek ewentualnych nadużyć. 14 kwietnia 1059 roku, ustalił nowy regulamin wyborów papieskich, według którego elekcja miała się odbywać w zamkniętym gronie kardynałów (konklawe).