W uznaniu zasług dla narodu, 27 lutego 1971 Conte został awansowany do stopnia kapitana. W 1973 został mianowany komendantem strefy operacyjnej w Boke (w północno-zachodniej Gwinei) w celu wspierania ruchu niepodległościowego w sąsiedniej Gwinei Portugalskiej. 10 maja 1975 został asystentem szefa sztabu armii.
W 1977 Conte był przewodniczącym gwinejskiej delegacji podczas negocjacji dotyczących rozwiązania sporów granicznych z Gwineą Bissau, a w 1980 został wybrany do Zgromadzenia Narodowego, gdzie reprezentował rządzącą Demokratyczną Partię Gwinei. Rok później odbył pielgrzymkę do Mekki.
Prezydentura Zamach w 1984 i rządy wojskowych Prezydent Ahmed Sekou Toure, głowa państwa od czasu uzyskania niepodległości, zmarł 26 marca 1984. Premier Louis Lansana Beavogui został powołany na pełniącego obowiązki prezydenta. W takiej sytuacji Conte 2 kwietnia 1984 dokonał przewrotu wojskowego i obalił rząd.
Conte oskarżył reżim Toure o łamanie praw człowieka i uwolnił 250 tys. więźniów politycznych. Zachęcił także do powrotu z uchodźstwa około 200 tys. Gwinejczyków.