Obowiązująca konstytucja została natychmiast zawieszona, podobnie jak Zgromadzenie Narodowe. Zakazano wszelkiej działalności politycznej. W kraju utworzono 25-osobowy Wojskowy Komitet Narodowej Odnowy pod przewodnictwem Conte, który 5 kwietnia został ogłoszony prezydentem republiki.
4 lipca 1985 premier Diarra Traore, pułkownik, który uczestniczył w przewrocie w 1984, próbował przejąć władzę, podczas gdy Conte uczestniczył w szczycie państw ECOWAS w Lomè w Togo. Jednak siły lojalne Conte zdobyły kontrolę w stolicy, dokonując następnie na około 100 rebeliantach (włącznie z Traore) egzekucji. 3 kwietnia 1990 Conte został awansowany do rangi generała armii.
Reformy gospodarcze i polityczne Reformy gospodarcze Conte, łącznie m.in. z dewaluacją narodowej waluty i redukcją administracji rządowej spotkały się z poparciem i pomocą Międzynarodowego Funduszu Walutowego oraz pozytywną reakcją Zachodu, znacznie zwiększając zagraniczne inwestycje.