W kolejnych wyborach prezydenckich w 1998, Conte ponownie zwyciężył, zdobywając 56,1% głosów. W listopadzie 2001 w wyniku przeprowadzonego referendum zniesiono ograniczenia w limicie kadencji prezydenta oraz wydłużono jego kadencję z 5 do 7 lat. Za zmianami opowiedziało się 98,4% wyborców, jednakże rezultat referendum został odrzucony przez partie opozycyjne, które uznały wyniki za sfałszowane.

Conte odniósł zwycięstwo także w trzecich wyborach prezydenckich 21 grudnia 2003, zdobywając 95,3% głosów. Jeden z opozycyjnych kandydatów zbojkotował jednak głosowanie, wyrażając swoje przekonanie, że Conte nigdy nie byłby w stanie zwyciężyć uczciwie przy aż tak wysokiej przewadze. 20 stycznia 2004 prezydent został oficjalnie zaprzysiężony na kolejna 7-letnia kadencję„GUINEA: Ailing Conte is sworn in for another seven term”, IRIN Africa, 20 stycznia 2004..

19 stycznia 2005 w Konakry w kierunku prezydenckiej kolumnady samochodów oddano serię strzałów, w czym dopatrywano się nieudanej próby zamachu, Conte nie został jednak ranny.