Na początku lat 90. Conte zapoczątkował transformację Gwinei w kierunku cywilnych i wielopartyjnych rządów. Nowa konstytucja została zatwierdzona 23 grudnia 1990 w powszechnym referendum, a 16 stycznia 1991 został rozwiązany Wojskowy Komitet Narodowej Odnowy. Na jego miejsce utworzono komitet składający się z cywilnych i wojskowych urzędników. Partie polityczne zostały ponownie zalegalizowane w 1992, w celu przeprowadzenia wolnych wyborów.
Rządy cywilne thumb|Lansana Conté oraz prezydent Władimir Putin, Moskwa, 2001 Pierwsze wielopartyjne wybory prezydenckie od czasów uzyskania niepodległości odbyły się 19 grudnia 1993. Conte kandydował z ramienia nowo powstałej Partii Jedności i Postępu, uzyskując większość 51,7% głosów. Drugie miejsce zajął Alpha Condé ze Zgromadzenia Ludu Gwinei z wynikiem 19,6% głosów.
2 lutego 1996 miały miejsce zamieszki w Gwinei, które o mało nie doprowadziły do upadku rządów Conte po tym, jak wojsko wszczęło bunt z powodu niewypłaconego żołdu. Zginęło kilkadziesiąt osób oraz poważnie zniszczono prezydencką rezydencję.