Wyspiański zrezygnował też z kierowania pracami wykonawczymi nad renowacją renesansowych fresków w kościele św. Krzyża, gdy okazało się, że zleceniodawca Tadeusz Stryjeński nie mógł sobie pozwolić na odpowiednie honorarium dla artysty.
Niezrealizowane zostały planowane przez Wyspiańskiego witraże do katedry na Wawelu (tzw. witraże wawelskie). Zachowały się trzy projekty emanujących grozą kartonów do witraży Henryk Pobożny, Kazimierz Wielki, Stanisław Szczepanowski (wszystkie wykonane około 1900); projekty te jednak budziły podziw wśród pisarzy młodopolskich, którzy utożsamili portrety dawnych postaci średniowiecznych z rozkładem dawnej potęgi kraju. Po stuleciu od śmierci Wyspiańskiego zachowane witraże zostały wystawione w Pawilonie Wyspiańskiego na rogu ulicy Grodzkiej i placu Wszystkich Świętych w Krakowie.
Malarstwo W Krakowie Wyspiański był jednym z założycieli Towarzystwa Artystów Polskich „Sztuka” w 1897, a w połowie 1898 objął stanowisko kierownika artystycznego tygodnika literacko-artystycznego „Życie”, którego redaktorem naczelnym był wówczas Stanisław Przybyszewski.