Na przełomie wieków Wyspiański realizował także portrety na zamówienie, używając do tego celu techniki pastelowej. Najczęściej pracował dla państwa Stanisława i Elizy Pareńskich, z którymi był w bliskich relacjach. Eliza Pareńska została matką chrzestną najmłodszego syna artysty, Stasia. Jeden z ważniejszych portretów tworzonych dla Pareńskich przedstawiał córkę Elizy, noszącą imię po matce (Portret Elizy Pareńskiej, 1904). Wyspiański uwiecznił też m.in. doktora Jana Raczyńskiego, który zajmował się leczeniem jego dzieci (Portret dr Jana Raczyńskiego, 1904) oraz rodzinę filologa klasycznego Leona Sternbacha. Często wykonywał również portrety małżonki, Teodory Pytko (Autoportret z żoną, 1904) i swoich dzieci, czego przykładem są obrazy Helenka z wazonem (1902), Śpiący Staś (1904), Śpiący Mietek (1904); dzieci Wyspiańskiego zostały uchwycone bez sztucznej pozy. Za najsłynniejszy obraz Wyspiańskiego uchodzi Macierzyństwo (1905), gdzie oprócz żony Teodory dwukrotnie została uwieczniona jego córka Helenka.
W 1900 Henryk Sienkiewicz z Polskiej Akademii Umiejętności przyznał artyście stypendium w wysokości 1000 rubli w ramach zapomogi.