Różnorodne algorytmy były stosowane do dopasowań sekwencji, w tym powolne, ale formalnie optymalizujące metody, jak programowanie dynamiczne, także efektywne metody heurystyczne czy probabilistyczne, zaprojektowane dla szeroko zakrojonych przeszukiwań baz danych.
Sposoby przedstawienia Dopasowania są często prezentowane zarówno graficznie, jak i w formacie tekstowym. W prawie wszystkich sposobach przedstawienia dopasowań sekwencje zapisywane są w wierszach, ułożonych tak że dopasowane reszty tworzą kolejne kolumny. W formatach tekstowych, dopasowane kolumny, zawierające identyczne lub podobne symbole (reszty) są oznaczone znaczkami określającymi stopień konserwatywności. Jak na powyższym obrazku gwiazdka (ewentualnie pionowa linia „I”) są używane, aby zaznaczyć identyczność pomiędzy dwiema sekwencjami w danej pozycji;