rzadziej używane symbole to dwukropek na oznaczenie konserwatywnych substytucji i kropka dla podstawień semikonserwatywnych. Wiele programów wizualizujących sekwencje używają kolorów stosownie do właściwości poszczególnych elementów sekwencji. W przypadku DNA i RNA sprowadza się to do przypisania każdemu nukleotydowi innego koloru. W dopasowaniach sekwencji białek, jak na rycinie powyżej, kolory są często użyte do oznaczenia właściwości aminokwasów, ułatwiając ocenę konserwatywności danego podstawienia. W przypadku dopasowania wielu sekwencji, ostatni wiersz stanowi często sekwencję konsensusową; sekwencja konsensusowa jest również często przedstawiona graficznie w postaci logo sekwencyjnego, w którym rozmiar każdego nukleotydu lub oznaczenia literowego aminokwasu odpowiadają stopniowi jego zakonserwowania.
Dopasowania sekwencji mogą być przechowywane w różnorodnych plikach w formacie tekstowym, z których wiele zostało rozwiniętych w połączeniu z konkretnym programem do dopasowań.