Dopasowania DNA i RNA mogą wykorzystywać macierz wartości, ale często po prostu przypisana jest dodatnia wartość dopasowaniom, ujemna niedopasowaniom, podobnie przewidziana jest kara za przerwy.
Programowanie dynamiczne może być użyteczne przy dopasowywaniu sekwencji nukleotydowej do sekwencji białka, zadanie to jest utrudnione przez możliwe mutacje powodujące zmianę ramki odczytu (insercje lub delecje). Metody framesearch tworzą serię dopasowań globalnych lub lokalnych par sekwencji – sekwencji nukleotydowej dostarczonej w zapytaniu i przeszukiwanego zestawu sekwencji białek, lub vice versa. Chociaż metoda ta jest bardzo powolna, jest użyteczna w przypadku sekwencji zawierających wiele indeli, które może być bardzo trudno dopasować przy użyciu bardziej efektywnych metod heurystycznych. W praktyce metoda ta wymaga znacznej mocy obliczeniowej lub systemu, którego architektura jest ukierunkowana na programowanie dynamiczne.
Przypisy
Kategoria:DNA Kategoria:Bioinformatyka Kategoria:Algorytmy tekstowe