W miejscu odpowiadającym identycznym/podobnym pozycjom w obu sekwencjach stawiana jest kropka. Niektóre implementacje różnicują rozmiar lub intensywność kropki w zależności od stopnia podobieństwa w odpowiednich pozycjach, przez co można odróżnić substytucje mniej i bardziej konserwatywne. W przypadku bardzo zbliżonych sekwencji na takiej macierzy kropki układają się w pojedynczą linię wzdłuż głównej przekątnej.
Macierze takie mogą zostać użyte do oszacowania powtarzalności pojedynczej sekwencji. wówczas ta sama sekwencja jest zapisana w pierwszym wierszu/kolumnie, a rejony o znacznym podobieństwie utworzą linie poza główną przekątną. Z taką sytuacją mamy do czynienia, gdy białko składa się z wielu podobnych domen strukturalnych.
Programowanie dynamiczne Technika programowania dynamicznego może być zastosowana do dopasowań globalnych przez algorytm Needlemana-Wunscha, oraz dopasowań lokalnych przez algorytm Smitha-Watermana. Typowo, dopasowania białek wykorzystują macierz substytucji, zawierającą wkład identycznych aminokwasów i różnych substytucji do wartości dopasowania, oraz kary za przerwy, tj. zestawienie aminokwasu w jednej z sekwencji z przerwą w drugiej.