Linie legionów Pompejusza załamały się i rzuciły się do bezładnej ucieczki. Pomimo tego, że wielu z uciekinierów znalazło schronienie za murami Mundy, bardzo wielu jednak zginęło w rzezi, jaką urządziły sobie zwycięskie wojska nad uciekającym wrogiem. W końcu na polu bitwy legło aż 30 000 zabitych żołnierzy armii pompejańskiej, podczas gdy Cezar stracił 1 000 zabitych i 500 rannych. Wszystkie 13 orłów pompejańskich legionów zostały zdobyte, co było oznaką całkowitego rozbicia armii Pompejuszów. Tytus Labienus zginął na polu bitwy, a Cezar urządził mu uroczysty pogrzeb. Gnejusz Pompejusz i Sekstus Pompejusz zdołali jednak ujść.
Po bitwie Cezar zostawił swego legata Kwintusa Fabiusza Maksimusa by oblegał Mundę, a sam ruszył pacyfikować prowincję. Corduba poddała się - ludzie z bronią w ręku obecni w mieście (głównie uzbrojeni niewolnicy) zostali straceni a miasto zmuszone do zapłacenia ogromnego odszkodowania. Miasto Munda trzymało się przez pewien czas, jednak po nieudanej próbie przerwania oblężenia, poddało się, a zwycięzcy wzięli 14 000 jeńców. Gajusz Didiusz, dowódca floty wiernej Cezarowi, zniszczył większość pompejańskich okrętów.