Geologia i rzeźba terenu Zbudowane są głównie z wapieni należących do skał osadowych. Przełęcze między szczytami są na ogół płytkie i łagodne, stoki szczytów są asymetryczne; od północnej strony łagodniejsze, od południowej z reguły urwiste i najeżone skałami i turniami. W większości porośnięte są lasem, ale występują w nich liczne turnie, skałki i zbocza o nagich i bardzo stromo (często pionowo) podciętych ścianach. Szczególnie atrakcyjne pod tym względem są bardzo strome i wysokie (dochodzące do 300 m) urwiska skalne od strony Dunajca. W niektórych miejscach doliny mają charakter wąwozów skalnych.
Przyroda Przyroda Pienin Właściwych została dokładnie zbadana jeszcze przed II wojną światową, w czasie tworzenia parku narodowego, obserwacje zmian przyrodniczych i badania naukowe prowadzone są przez cały czas. Przyroda jest tutaj najbogatsza w całych Pieninach, a dzięki temu, że tereny te chronione są od dawna, przyroda wróciła niemal do pierwotnego stanu, sprzed eksploatacji przez człowieka. W urwiskach Pienińskiego Potoku zachowały się dość licznie cisy, a masyw Trzech Koron jest najbogatszą ostoją pienińskich roślin.