Topografia Pieniny Właściwe dzielą się na: Pieniny Czorsztyńskie – położone w zachodniej części, między przełęczą Drzyślawa a przełęczą Szopka i Wąwozem Szopczańskim; Masyw Trzech Koron – pomiędzy przełęczą Szopka i Wąwozem Szopczańskim a przełomem Dunajca; Pieninki – pomiędzy Dunajcem a Pienińskim Potokiem; Czasami do Pienin Właściwych zalicza się też Grupę Golicy – od doliny Leśnickiego Potoku do doliny Lipnika. Faktycznie jest ona strukturalnie połączona z Masywem Trzech Koron, podobna jest tutaj budowa geologiczna, przyroda i krajobraz. Zazwyczaj bywa jednak przyłączana do Małych Pienin.
Główny grzbiet biegnie od Wdżaru poprzez Majerz i Macelak do przełęczy Szopka, gdzie skręca na północny wschód i przechodzi w grań Pieninek: Bajków Groń, Czerteż i Sokolicę, zaś 2 najwyższe szczyty – Trzy Korony i Nowa Góra znajdują się z boku grani głównej. Łącznie w Pieninach Właściwych wyróżnia się kilkadziesiąt szczytów i ponad sto turni, o wysokości względnej średnio 300–450 m ponad dna dolin.