Na czele agencji stanął dyrektor centrali wywiadu (Director of Central Intelligence, DCI), a ustawa z 1949 roku zezwoliła na utajnienie jej budżetu, stanów kadrowych i wydatków.
Zimna wojna Już w pierwszych latach działalności prezydent Truman zezwolił agencji na prowadzenie tajnych operacji. W warunkach zimnej wojny CIA wspierała finansowo siły antykomunistyczne, m.in. partie prawicowe w wyborach we Włoszech w 1948 roku oraz przeciwników komunistów w wojnie domowej w Grecji. Wczesne próby przerzutu partyzantów do Albanii zakończyły się klęską, między innymi wskutek zdrady radzieckiego agenta Kima Philby’ego, ulokowanego wysoko w brytyjskim MI6.
W połowie lat 50. XX wieku CIA wspólnie z brytyjskim MI6 przeprowadziła w Berlinie Zachodnim operację „Gold” – budowę podziemnego tunelu podłączonego do telefonicznych kabli dowództwa wojsk radzieckich w Berlinie Wschodnim. O przedsięwzięciu od początku wiedział KGB, poinformowany przez radzieckiego agenta w MI6 George’a Blake’a.