Po zimnej wojnie W latach 90. XX wieku CIA była krytykowana m.in. za to, że nie przewidziała rozpadu Związku Radzieckiego ani irackiej napaści na Kuwejt. W tym okresie agencja deklarowała również większe zaangażowanie w wywiad gospodarczy.

XXI wiek mały|Odtajniony raport Senatu Stanów Zjednoczonych o metodach przesłuchań CIA po 2001 roku Po zamachach z 11 września 2001 roku CIA, krytykowana za niewykrycie spisku, rozbudowała działania antyterrorystyczne. Agencja wsparła wywiadowczo inwazje na Afganistan i Irak, przy czym jej oceny dotyczące irackiej broni masowego rażenia okazały się błędne, co kosztowało stanowisko dyrektora George’a Teneta. Po 2001 roku agencja prowadziła program tajnych więzień i „wzmocnionych technik przesłuchań”, opisany w odtajnionym w 2014 roku raporcie Senatu. Funkcję dyrektora pełnili kolejno m.in. (pierwsza kobieta na tym stanowisku, 2018–2021), (2021–2025) oraz John Ratcliffe (od 2025).

Wątek polski Próby infiltracji PRL Na początku zimnej wojny CIA bezskutecznie próbowała tworzyć siatki wywiadowcze w bloku wschodnim, w tym w Polsce.