Sezon 2006 należał właśnie do Haydena. Jego partnerem z zespołu został wspaniale debiutujący Daniel Pedrosa. Równa jazda przez cały sezon sprawiła, że Hayden został mistrzem świata w swoim zaledwie czwartym sezonie w tej klasie. Złośliwi mówią o nim, że jest to „ciułacz punktów”, a mistrzostwo świata zawdzięcza pechowi jaki prześladował Valentino Rossiego (problemy z maszyną, problemy z oponami, wywrotki). Jednak Hayden przez cały sezon jeździł dosyć równo i tylko jeden raz nie zdobył punktów w GP Portugalii, kiedy kolega z zespołu Daniel Pedrosa wywrócił go na jednym z zakrętów. W ostatnim wyścigu Valentino Rossi miał ośmiopunktową przewagę nad Haydenem, jednak nie wytrzymał napięcia i wywrócił się na jednym z zakrętów z własnej winy. Rossi kontynuował jeszcze wyścig, ale nie odrobił już zbyt wiele punktów do Haydena, który ukończył wyścig na trzecim miejscu, co dało mu 5 punktów przewagi w klasyfikacji końcowej i tym samym mistrzostwo świata.