2007 był przedostatnim sezonem Haydena na fabrycznej Hondzie, zmienił też swój ulubiony numer 69 i używał 1. Obrona tytułu okazała się niemożliwa, Hayden został całkowicie zdominowany przez swojego team partnera, Daniego Pedrosę. Początek upadku miał miejsce podczas Grand Prix Francji i torze Le Mans, Amerykanin zaliczył upadek i spadł w klasyfikacji aż na 11 pozycję. Przed Grand Prix Wielkiej Brytanii, gdy zespół miał okazję przetestować kilka rozwiązań, Hayden poprosił, aby większość systemów elektronicznych wspomagających jazdę zostało wyłączonych. To lekko poprawiło wyniki „Kentucky Kida”, jednakże ogółem obrona mistrzowska w wykonaniu Haydena okazała się najgorsza od czasu Kenny’ego Robertsa juniora (zero zwycięstw i tylko 3 razy trzecie miejsce).

Po zdobyciu mistrzostwa przez Caseya Stonera, Hayden musiał wrócić do swojej ulubionej #69, Honda zaś po raz pierwszy zastosowała zawory pneumatyczne w swoich motocyklach i na początku testował je tylko Hayden. Potem stosunki na linii zawodnik-zespół bardzo się pogorszyły, stało się tak m.in. z powodu kontuzji Haydena i po zmianie ogumienia przez Daniego Pedrosę z Michelin na Bridgestone, decyzji, o której Hayden w ogóle nie wiedział.