W myśl rozkazu Berii stracone miały zostać osoby skazane za „działalność kontrrewolucyjną”, „działalność antysowiecką”, sabotaż i dywersję, a także więźniowie polityczni znajdujący się w śledztwie.
Masakry we lwowskich więzieniach odbywały się zwykle według podobnego schematu. Funkcjonariusze NKWD i NKGB wywoływali więźniów z cel, po czym pojedynczo lub w małych grupkach wprowadzali ich do więziennych piwnic i tam mordowali. Indywidualne i masowe egzekucje odbywały się także na więziennych podwórzach. W ostatnich godzinach przed wkroczeniem do miasta oddziałów niemieckich enkawudziści mordowali więźniów bezpośrednio w celach, otwierając ogień przez kraty bądź wrzucając granaty do przepełnionych pomieszczeń. Zwłoki grzebano w mogiłach wykopanych na terenie więzień lub pozostawiano w celach i piwnicach (niektóre z nich zamurowano). Czasami ofiary zakopywano także poza więzieniami, na przykład w parku Bodnara. Egzekucje przeprowadzano przy włączonych silnikach samochodowych, chcąc w ten sposób zagłuszyć odgłosy strzałów i krzyki mordowanych. W tym samym czasie okoliczne ulice obstawiała sowiecka milicja, uniemożliwiając osobom postronnym dostęp do więziennych budynków. Eksterminacja więźniów trwała do momentu opuszczenia Lwowa przez wojska sowieckie.