W 1935 wziął ślub z Hatice Piraye Altınoğlu. thumb|left|Radziecki znaczek pocztowy z podobizną poety 17 stycznia 1938 ponownie został zatrzymany pod zarzutami propagandy komunistycznej i prowadzenia działalności wywrotowej wśród kadetów marynarki wojennej, których przyłapano na czytaniu jego wierszy. Stanął przed sądem wojskowym, który skazał go na 28 lat i cztery miesiące więzienia oraz dożywotni zakaz służby publicznej. Jego publikacje zostały w Turcji objęte ścisłą cenzurą. Pierwsze dwa lata odsiadki spędził w Stambule i Çankırı, po czym w grudniu 1940 został w związku ze złym stanem zdrowia przeniesiony do półotwartego więzienia na wyspie İmralı, gdzie dzielił celę z Orhanem Kemalem. Przez cały ten okres nie przestał tworzyć, powstało wtedy m.in. monumentalne wielogatunkowe dzieło Memleketimden insan manzaraları (Ludzkie krajobrazy mojej ojczyzny) poświęcone przemianom w Anatolii w latach 1920–1940 czy Kuvâyi Milliye Destanı (Epos o Siłach Narodowych) o bojownikach z czasów wojny o niepodległość, przetłumaczył też na język turecki Wojnę i pokój Lwa Tołstoja. W więzieniu nawiązał znajomość z Münevver Andaç, która stała się jego trzecią żoną i matką jedynego syna, Memeda (1951–2018). Pod koniec lat 40. uwięzienie Hikmeta stało się cause célèbre europejskiej opinii publicznej.