W takich przypadkach dopuszcza się wykorzystywanie herbicydów do zwalczania chwastów.
Walka z chorobami w integrowanej produkcji jabłek Duże znaczenie w integrowanej produkcji jabłek ma także wybór odmian odpornych na choroby. Odmiana powinna zostać wybrana z uwzględnieniem chorób, które występują najczęściej w danym terenie. Prawidłowa pielęgnacja jabłoni, w tym ich przycinanie i formowanie, zapewnia lepszą przewiewność koron, co zapobiega zakażeniom, a jednocześnie ułatwia dokładne opryskanie drzew. W ten sposób można efektywnie zwalczać nawet trudne choroby drzew przy użyciu mniejszej ilości środków chemicznych. Zabiegi pielęgnacyjne należy przeprowadzać także po zbiorach. Zgrabianie i niszczenie opadłych liści pozwala na ograniczenie ilości patogenów, które zimują w takich miejscach.
Aby w pełni chronić sad przed chorobami, bardzo ważne są regularne lustracje. Pozwalają one ocenić zagrożenie wystąpienia danego patogenu. Zauważenie już pierwszych objawów choroby ułatwia zastosowanie skutecznego programu ochrony jabłoni. W końcu kwitnienia, w lipcu oraz w sierpniu w uprawach integrowanych przeprowadza się dokładną lustrację wszystkich drzew.