Po kontuzji początkowo występował w grających w trzeciej lidze rezerwach Werderu, po czym przeniósł się na ławkę rezerwowych pierwszej drużyny. W zimowym oknie tranferowym 2012 Przegląd Sportowy podał informację o zainteresowaniu Polonii Warszawa wypożyczeniem obrońcy, jednak transfer nie doszedł do skutku. Po wielomiesięcznej absencji, Boenisch pojawił się na boisku w barwach Werderu dopiero 24 marca 2012 roku, kiedy to w końcówce meczu z Augsburgiem zmienił Toma Trybulla.
30 czerwca 2012 wygasł kontrakt Boenischa z Werderem Brema, a sam zawodnik odrzucił propozycję przedłużenia goBundesliga. Fortuna Dusseldorf chce Boenischa.. Od tego czasu pozostawał bez klubu do listopada, kiedy podpisał kontrakt z Bayerem 04 Leverkusen do końca sezonu 2012/2013. W zespole z Leverkusen zadebiutował 11 listopada w meczu z Wolfsburgiem, kiedy w przerwie wszedł na boisko z ławki rezerwowych. Swojego pierwszego gola dla Bayeru zdobył 19 stycznia w ligowym meczu z Eintrachtem Frankfurt. 6 października 2016 podpisał dwuletni kontrakt z niemieckim drugoligowym klubem TSV 1860 Monachium.