Kariera reprezentacyjna Początkowo Boenisch reprezentował kadrę Niemiec do lat 21. mały|Boenisch w 2010 roku Ostatecznie zdecydował się na grę w seniorskiej reprezentacji Polski. 20 sierpnia 2010 roku trener polskiej kadry, Franciszek Smuda, powołał go na towarzyskie spotkania z Ukrainą i Australią. Zadebiutował w kadrze Polski 4 września 2010 roku w meczu z Ukrainą.
W lutym 2012 roku Boenisch po raz pierwszy po poważnej kontuzji otrzymał powołanie do kadry na mecz z Portugalią, pomimo iż od września 2010 roku nie zagrał w żadnym oficjalnym meczu Werderu Brema.
Podczas Euro 2012 wystąpił w pełnym wymiarze we wszystkich trzech meczach polskiej reprezentacji.
Mecze i gole w reprezentacji#DataMiastoPrzeciwnikGolWynikRozgrywki1. 04.09.2010 Łódź 1:1 towarzyski2. 07.09.2010 Kraków 1:2 towarzyski3. 29.02.2012 Warszawa 0:0 towarzyski4. 22.05.2012 Klagenfurt 1:0 towarzyski5. 26.05.2012 Klagenfurt 1:0 towarzyski6. 02.06.2012 Warszawa 4:0 towarzyski7. 08.06.2012 Warszawa 1:1 Euro 20128. 12.06.2012 Warszawa 1:1 Euro 20129. 16.06.2012 Wrocław 0:1 Euro 201210. 06.02.2013 Dublin 0:2 towarzyski11.22.03.2013Warszawa 1:3 elim. MŚ 201412.04.06.2013Kraków 2:0 towarzyski13.06.09.2013Warszawa 1:1 elim. MŚ 201414.10.09.2013Serravalle 5:1 elim.