Po powstaniu warszawskim mieszkał w okolicach Łowicza i w Łodzi.
Od 1 marca 1945 był jednym ze współorganizatorów Uniwersytetu Łódzkiego, od 16 lipca do 1 września 1946 pełnił tam funkcję prorektora.
W latach 1945–1946 był prezesem Łódzkiego Towarzystwa Naukowego.
13 sierpnia 1946 Bolesław Bierut, jako prezydent KRN, mianował na wniosek ministra oświaty pierwszy skład profesorów Uniwersytetu Mikołaja Kopernika z Ludwikiem Kolankowskim jako rektorem. Stanowisko rektora pełnił do 31 sierpnia 1948. Miał wówczas kompetencje senatu, dziekanów oraz rad poszczególnych wydziałów.
Od 1934 był członkiem korespondentem Polskiej Akademii Umiejętności. W latach 1937–1947 pełnił funkcję prezesa Polskiego Towarzystwa Historycznego, był też jego członkiem honorowym.
16 września 1948 senat UMK przyznał mu tytuł doktora honoris causa, jednak uchwała nie została zaakceptowana przez Ministerstwo Edukacji. W dniu 27 listopada 2001 senat UMK podjął uchwałę stwierdzającą ważność tego tytułu.