Według dziennikarza Rzeczypospolitej Cezarego Gmyza arcybiskup został uznany za nieodpowiedniego kandydata z powodu chęci zachowania dobrych stosunków z Kościołem katolickim, co interpretowano jako „chęć odegrania roli prawosławnego Wyszyńskiego”, oraz z powodu sprzeciwu wobec kontroli Urzędu ds. Wyznań nad PAKP. Natomiast Ryszard Michalak pisze, że arcybiskup Jerzy nie został metropolitą, gdyż starał się nie pozwolić, by Urząd ds. Wyznań wyznaczał kierunki bieżącej polityki Kościoła. Wbrew jego wskazaniom zamierzał utrzymywać z Kościołem rzymskokatolickim dobre kontakty, chłodno zaś odnosić się do Polskiej Rady Ekumenicznej. Ponadto Ministerstwo Spraw Wewnętrznych negatywnie oceniało utrzymywanie przez Jerzego prywatnych kontaktów z biskupami rzymskokatolickimi: Wacławem Majewskim, Zygmuntem Choromańskim i Michałem Klepaczem.
W swoich publicznych wypowiedziach arcybiskup Jerzy nie atakował władz komunistycznych. W 1964 r., w liście pasterskim wydanym z okazji 20. rocznicy manifestu lipcowego pisał, iż PAKP w PRL posiada pełną swobodę realizowania swojej misji, może również włączać się w światowy ruch na rzecz pokojuS. Dudra, Kościół prawosławny..., s.70. Mimo tego w notatkach władz nt.