Kariera naukowa W 1808 r. został mianowany przez rząd Bawarii profesorem zwyczajnym prawa rzymskiego w Landshucie, gdzie pracował przez półtora roku. W 1810 został zaproszony, głównie przez Wilhelma von Humboldta, by objąć kierownictwo katedry prawa rzymskiego na nowo powstałym Uniwersytecie Berlińskim. Jednym z celów Savigny’ego było stworzenie, wraz z wydziałem prawa, tzw. „Spruch-Collegium” – nadzwyczajnego trybunału, przygotowanego do wydawania opinii w sprawie przypadków zgłaszanych im przez sądy powszechne.
Ogólnie rzecz biorąc był to najaktywniejszy czas w jego życiu. Zajmował się wykładaniem, zarządzaniem Uniwersytetem (którego został trzecim rektorem) i edukacją następcy tronu w zakresie prawa rzymskiego, karnego i pruskiego. Utrzymywał liczne kontakty towarzyskie i naukowe. Przyjaźnił się z Bartholdem Georgiem Niebuhrem oraz Karlem Friedrichem Eichhornem. W 1814 r. wydana została jego najbardziej znana praca: „O powołaniu naszych czasów do ustawodawstwa i nauki prawa” (Vom Beruf unserer Zeit für Gesetzgebung und Rechtswissenschaft). Wyrażała ona protest przeciwko żądaniom kodyfikacji prawa i miała być odpowiedzią na broszurę Antona Thibauta, zachęcającą do stworzenia jednolitego kodeksu prawnego dla Niemiec, który byłby niezależny od źródeł zagranicznych systemów prawnych.