Początki osady thumb|Godło Księstwa Zatorskiego Osada powstała na przełomie XIII/XIV wieku, założona prawdopodobnie przez wychodźców z Moraw (przypuszczalnie z okolic Klattowy), nazwana wówczas Indrzychowem. Pierwsze historyczne zapisy z 1325. donoszą o kościele w Andrychowie – wydaje się to być jednak dosyć nieprawdopodobne. W wykazie świętopietrza z 1344 osada figuruje pod zniekształconą nazwa Henrychów. Jan Długosz w „Liber Beneficiorum” nazywa wioskę Gendrychowem, opisując ją jako niewielką wieś w księstwie zatorskim.
Około 1440 r. przez miasto przechodzi Deresław z Rytwian (Dzierżek) zmierzając pod Zator. Osada wyludniła się ponieważ przyłączyła się do niego większa część mieszkańców. Zatorski zamek zostaje zdobyty i przekazany królowi polskiemu. Księstwo zatorskie i oświęcimskie zostało ostatecznie wcielone do Korony na walnym sejmie w Warszawie 20 lutego 1564.
Za panowania Zygmunta I Andrychów był już centrum administracyjnym okolicznych wiosek. Właścicielami osady byli Schillingowie z Wissenburga. Byli oni zwolennikami reformacji toteż jest bardzo prawdopodobne iż znaczna część mieszkańców przeszła na kalwinizm.
W 1655 osada została spalona przez oddziały szwedzkie ciągnące na Żywiec i Oświęcim.